Предприятие выполняет отраслевые заказы по разработке технологий и оборудования, вводу новых мощностей по переработке, хранению, захоронению ОЯТ и РАО на специализированных площадках объектов атомной промышленности.
АО ФЦЯРБ поручено исполнение международных контрактных обязательств по организации ввоза в Российскую Федерацию отработавшего ядерного топлива российского производства из зарубежных стран на временное технологическое хранение и переработку.
Предприятие осуществляет управление рядом международных проектов по реабилитации ядерных и радиационно опасных объектов в Северо-Западном регионе России в рамках «ядерного окна» Фонда «Природоохранное Партнерство – Северное Измерение».
АО ФЦЯРБ является координатором-исполнителем работ по реализации межгосударственной целевой программы «Рекультивация территорий государств-членов ЕврАзЭС, подвергшихся воздействию уранодобывающих производств».